夫妻双方公积金贷款还款按以下程序扣：

一、如果夫妻双方公积金账户都办理公积金代扣业务，以一方公积金账户为主扣款帐户，当主扣款帐户扣款后还不足以偿还当月应还贷款本息时，就再扣另一方公积金账户余额;

二、如果夫妻俩公积金账户余额累计不足以偿还当月应还贷款本息时，就不再“代扣”，委托人应在每月还款日前向还款储蓄帐户(申请贷款时提供的)存入能够按月足额划转的资金。

三、另外，申请多少额度，如果按单职工的额度申请的话(不超过40万)，不会有影响，如果按双职工额度(40~70万)申请则不能通过贷款审核。

原则上以户主为主;当然也可以以谁的公积金高的一方的为主。夫妻双方公积金贷款年限最长30年，对于普通的商品房，并且是第一套住房，贷款金额不超过总房价的80%，夫妻双方最多可以使用公积金贷款30年，这是夫妻双方公积金贷款年限最长时间。